علامه طباطبایى که خود از شاگردان حوزه فلسفى نجف اشرف و از اساتید حوزه قم در دوره پنجم است تاریخ فلسفه اسلامى را این گونه بیان مى‏دارد:

«نظر به اینکه بحث‏شیعه در حقایق معارف با روش تحلیل و انتقاد و کنجکاوى عقلى آزاد بود و بحثهاى عمیق فلسفى در کلام پیشوایان این طایفه به حد وفور وجود داشت این طایفه نسبت به بقیه طوایف اسلامى استعداد بیشترى به فرا گرفتن فلسفه داشتند و از این روى هنگامى که کتب فلسفى یونان و غیر آن به عربى ترجمه شد و کم و بیش در میان مسلمین رواج یافت (با این خاصیت که مطالب فلسفى در حوز افهام همگانى نیست) در نفوس شیعه نسبت به دیگران تاثیرى عمیق‏تر داشته است و نقشى روشن‏تر مى‏بست. در ابتداى حال مکتب اشراقین در اسلام رواج نیافت و حکما و فلاسفه اسلامى به مکتب مشائین (اتباع ارسطو) اقبال نمودند ولى دیرى نگذشت که به نزدیکى رابطه فلسفه و دین پى‏برده و در صدد توفیق میان فلسفه و دین برآمده و بحثهایى تا اندازه‏اى ساده و ابتدایى انجام دادند این حقیقت را در تالیفات «معلم ثانى، ابى‏نصر فارابى‏» و پس از آن در تالیفات تقسیرى «شیخ الرئیس ابن سینا» مى‏توان یافت.»

ایشان ادامه مى‏دهند فلاسفه اسلامى دریافتند که با هر یک از سه راه دین، فلسفه، عرفان، مى‏توان به حقایق کلیه آفرینش نایل گردید با این ویژگى که زبان دین،زبان همگانى است که با بیانى ساده آدمى را به اسرار آفرینش آگاه مى‏کند. لیکن مطالب فلسفى تنها در خور فهم گروهى خاص است که با ریاضات عقلى ورزیده شده و برهان را از قیاسات جدلى و خطابى تمیز مى‏دهند و اهل عرفان با تعلیمات دینى و ریاضات شرعى آیینه نفس را صیقلى داده و طبق عنایتهاى الهى حقایق را مشاهده مى‏کنند. علامه طباطبایى پس از برشمردن سیر فلسفى مى‏فرماید: «کلید رمزهایى به دست این فلسفه اسلامى افتاده که هرگز در فلسفه هاى کهن «کلد» «مصر»، «یونان‏» و «اسکندریه‏» به دست نمى‏آید.»

در دوره متاخر، حوزه فلسفى قم شخصیتهاى فرزانه‏اى را به خود دید که در تفکر فلسفى و سیاسى جهان اسلام نقش مؤثرى داشتند همان گونه که در دوره‏هاى پیشین نیز با وجود حکیم الهى صدر المتالهین شیرازى و شاگردانش حوزه فلسفى قم نقش مهمى در دوره صفوى داشت.

" اثرات سیاسی- اجتماعی حوزه فلسفی قم در قرون اخیر

«حکیم آیة اللّه سید ابوالحسن رفیعى قزوینى‏» (1310 - 1395ق.) از جمله شخصیتهاى علمى و فلسفى بودند که علوم عقلى را در حوزه تهران از آیة اللّه حاج شیخ عبد النبى نورى، حکیم میرزا محسن کرمانشاهى، فاضل تهرانى و میرزا محمود قمى آموخته بود. در زمان آیة اللّه حائرى به قم آمده و به تدریس علوم عقلى پرداخت و از نخبه‏ترین شاگردان ایشان در این عصر حضرت امام خمینى قدس سره است.

«حضرت آیة اللّه العظمى امام خمینى‏» قدس سره حکیم م و عارف واصلى است که پس از استاد مکتب فلسفى وى را تداوم بخشید ویژگى خاص حضرت امام ژرف نگرى معظم له به مسایل فلسفى و توجه به ابعاد مختلف علوم اسلامى بود لذا مباحث پراکنده فلسفى فقهى اخلافى و عرفانى را که در اندیشه فلسفه سیاسى نقش داشتند به صورت منسجم در مکتب درس ایشان مطرح شد و نظریه «ولایت فقیه‏» کامل شده و در مکتبهاى فلسفى و فقهى حوزه‏هاى علمیه پیروانى یافت که با گسترش آن از حوزه علمیه قم به انقلاب اسلامى و تاسیس حکومت اسلامى انجامید.

«حضرت آیة اللّه سید محمد حسین طباطبایى‏» از دیگر شخصیتهاى فلسفى بودند که در اشاعه اندیشه صدرایى و رواج آن سهم عمده‏اى داشت و چند دوره «اسفار» و «شفا» را تدریس نموده و «بدایة الحکمه‏» و «نهایة الحکمة‏» را در ترویج مکتب صدر المتالهین به رشته تحریر درآوردند البته تالیفات علامه طباطبایى به دو اثر خلاصه نمى‏شود ایشان دهها کتاب، رساله و یا تعلیقه در فلسفه الهى داشتند نقش مؤثر ایشان در حوزه فلسفى قم طرح نظریات فلسفه الهى به سبک جدید و پاسخ به فلسفه مادى «ماتریالیسم دیالکتیک‏» بود. با برپایى انجمنى علمى و طرح مسایل جدیدى که در حوزه تفکر مادى مطرح شده پاسخ برهانى خویش را در«اصول فلسفه و روش رئالیسم‏» تهیه دید که با شرح شاگرد فرزانه‏اش «استاد شهید آیة اللّه مرتضى مطهرى‏» اعلى اللّه مقامه الشریف این سیره علمى در اقصى نقاط عالم اسلامى منتشر شد.

 البته اساتید دیگرى نیز در حوزه فلسفى قم به تدریس اشتغال داشته و دارند که برخى از آنها عبارتند از:

  آیة اللّه عبد اللّه جوادى آملى، آیة اللّه حسن حسن زاده آملى، آیة اللّه محمد تقى مصباح.

آنچه که در این دوره از حوزه فلسفى اهمیت ویژه دارد رشد تفکر فلسفه سیاسى است که شاید بتوان گفت در هیچ یک از دوره‏هاى فرهنگى این رشد و شکوفایى در حوزه‏هاى علمیه روى نداده است. در این دوره مبانى اندیشه سیاسى اسلام مورد بررسى قرار گرفته و اصول اولیه تدوین مى‏یابد تا نظریه «ولایت فقیه‏» به صورتى جامع و کامل مطرح شده و تا نقد مکاتب فلسفى غرب جایگاه خویش را در متن جامعه پیدا مى‏کند. در این دوره دیگر بار پس از هزار و چهار صد سال مبانى عقیدتى و فلسفه سیاسى اسلام از کتابها و کتابخانه‏ها و اندیشه‏هاى فردى خارج شده و در متن جامعه پیاده شده «مدینه فاضله اسلامى‏» برپا مى‏گردد.