وب سایت موسسه فرهنگی و اطلاع رسانی تبیان
وب سایت موسسه فرهنگی و اطلاع رسانی تبیان
سه شنبه 3 اسفند 1395 - 24 جمادي الاول 1438 - 21 فوريه 2017
نرم افزار CLC Sequence Viewer نسخه رایگان نرم افزارهایی است كه شركت CLC برای تحلیل ابتدایی داده های بیوانفورماتیك عرضه كرده است...
عکس نویسنده
عکس نویسنده
نویسنده : زینب باقری
بازدید :
زمان تقریبی مطالعه :

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

 

انجام تطابق چندتایی با استفاده از نرم‌افزار CLC Sequence Viewer:

نرم‌افزار CLC Sequence Viewer نسخه رایگان نرم‌افزارهایی است كه شركت CLC‌ برای تحلیل ابتدایی داده‌ های بیوانفورماتیك عرضه كرده است. این نرم‌افزار قابلیت ‌های بسیاری داشته با آن آسان است. نسخه رایگان این نرم افزار را می توانید با کمی چرخیدن در اینترنت پیدا کنید. 

برای بار اولی كه نرم‌افزارCLC Sequence Viewer  را اجرا می ‌كنید، رابط كاربر به صورت زیر خواهد بود:

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

سه پنجره اصلی را می ‌بینید، پنجره Navigation Area (پنجره ای است كه لیست اطلاعات وارد شده را نشان می ‌دهد)، پنجره View Area (‌بخش اصلی نرم‌افزار است) و پنجره Toolbox لیست ابزارهای مختلف نشان داده شده است.

- نرم افزار را اجرا كنید

- پوشه ‌ای جدید با نام Opsin در آن ایجاد كرده و توالی اُپسین قرمز را وارد كنید. برای ایجاد پوشه جدید از مسیر زیر استفاده كنید.

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

- توالی ژن اُپسین قرمز را كه قبلا گرفته بودید از مسیر زیر در نرم‌افزار وارده كنید.

File| Import

- روی توالی وارد شده در قسمت Navigation are كلیك كرده و از منوی Edit گزینه rename را انتخاب كنید، با این كار نام توالی شما به حالت انتخاب در می‌آید و كلمه red-opsin را در این قسمت تایپ كنید. با انتخاب فایل توالی محتویات آن در صفحه اصلی نمایش داده می‌شود (شكل زیر)

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

- چهار توالی دیگر را به همین ترتیب وارد كرده و نام آنها را به green-opsin ، blue-opsin ، rhodopsin و peropsin تغییر دهید.

- از بخش ابزار Alignment&Tree را انتخاب كنید تا زیر مجموعه‌ های آن باز گردد و گزینه Create Alignment  را انتخاب كنید و روی آن دو بار كلیك كنید.

- با این كار پنجرة جدیدی باز می ‌شود كه در آن باید انتخاب كنید كه بین چه توالی ‌هایی تطابق ‌پذیری محاسبه گردد. در این قسمت تك تك توالی ‌ها را انتخاب و با استفاده از دكمه فلش آنها را به ستون كناری منتقل كنید (در صورتی كه در صفحه اصلی هر یك از این فایل ‌ها در حالت انتخاب قرار داده باشند، خود به خود به لیست محاسبه منتقل شده ‌اند)، بعد از منتقل شدن هر پنج توالی دكمه Next را فشار دهید. پنجره ‌های بعدی را نیز به همین ترتیب رد كنید و در انتها دكمه Finish را فشار دهید.

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

- تطابق پذیری محاسبه شده و نتیجه آن در پنجره‌ای جدید در صفحه اصلی نشان داده می ‌شود، توجه كنید هر چقدر تعداد و طول توالی ‌ها زیاد باشد زمان بیشتری برای محاسبه صرف خواهد شد كه در پنجره كوچك processes  پیشرفت محاسبه نشان داده می‌شود.

- برای ذخیره این صفحه مسیر زیر را بروید.

File| Save as| (opsin-align) | Ok 

كلمه opsin-align را در قسمت نام تایپ كنید. به طور پیش فرض نرم‌افزار این صفحه را به صورت نتیجه تطابق ‌پذیری ذخیره می ‌كند و شكل فایل آن در لیست فایل‌ ها با فایل توالی ‌ها متفاوت خواهد شد.

- نتیجه تطابق چندتایی: همان ‌طور‌كه در تصویر می‌بینید 5 توالی در زیر هم ردیف شده ‌اند و برای ایجاد بهترین تطابق در قسمت ‌هایی از توالی ‌های مختلف جای ‌خالی ایجاد شده است. از آنجا كه طول توالی بلند است و در پنجره نمایشگر نمایش طول كامل آن ممكن نیست، در چند ردیف نمایش صورت می ‌گیرد. در زیر هر ردیف تطابق، توالی به عنوان توالی حفظ شده  نوشته شده است كه می ‌توان گفت برآیند هر 5 توالی است، در نمودار ستونی درصد حفظ ‌شدگی  نشان داده شده است. به عنوان نمونه اولین آمینو‌اسید هر 5 توالی، متیونین (با حرف اختصاری M) است و در توالی برآیند نیز همین آمینو‌اسید دیده می ‌شود و درصد حفظ‌شدگی این آمینو اسید در جایگاه اول 100 درصد است‌. زیرا در هر 5 توالی وجود داشته است. در صورتی كه درصد حضور دو آمینو‌اسید در یك جایگاه مساوی باشد در توالی برآیند و یا حفظ شده حرف X قرار داده می ‌شود. اگر تمام توالی ‌ها و یا تعداد زیادی از آنها در یك جایگاه علامت جای ‌خالی باشد نیز در توالی برآیند حرف X قرار داده خواهد شد و دقت كنید هر چقدر تعداد توالی‌ ها  بیشتر باشد اطلاعات این قسمت مفیدتر و معنی ‌دارتر خواهد بود.

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم كشیدن درخت تبارزایی برای توالی خانواده ‌های اُپسین:

- از بخش ابزار Alignment&Tree را انتخاب كنید تا زیر مجموعه ‌های آن باز گردد و گزینه Create Tree را  انتخاب و دو‌ بار بر روی آن كلیك كنید.

- فایل توالی تطابق را از لیست فایل‌ ها انتخاب نموده و با كلیك بر روی علامت فلش آن را به لیست موارد انتخاب شده منتقل كنید (در صورتی كه صفحه اصلی این فایل در حالت انتخاب قرار داشته باشد، خود به خود به لیست موارد انتخاب شده اضافه شده است) و در انتها دكمه Next را فشار دهید.

- در این صفحه الگوریتم را از حالت پیش فرض neighbor joining به UPGMA تغییر و دكمه Finish  را فشار دهید. 

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

- 5 توالی داده شده در یك درخت نمایش داده می ‌شوند (هر چقدر تعداد توالی بیشتر باشد زمان طولانی ‌تری برای كشیدن درخت صرف خواهد شد.)

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

- نحوه قرار‌گیری شاخه‌ های درخت نسبت به هم،‌ نشان دهنده میزان تفاوت و شباهت بین توالی‌ها است.

- هر نقطه نشان دهنده یك پروتئین است، نقطه ‌های داخل درخت كه برچسب ندارند، ‌اجداد مشتركی هستندكه توالی آنها توسط نرم ‌افزار محاسبه شده و با توجه به این اجداد فاصله بین پروتئین‌ های فعلی (‌نقطه‌ های انتهایی كه برچسب دارند و یا همان توالی ‌های پروتئینی مورد سؤال) تعیین می ‌شود‌. در حالت پیش فرض طول شاخه ‌ها نشان دهنده میزان فاصله و یا مقدار اختلاف است. بر این اساس هر چقدر طول بیشتر باشد تفاوت دو پروتئین نسبت به هم بیشتر است، به عنوان مثال اُپسین قرمز و سبز از یك جد مشترك منشعب شده‌ اند و اُپسین آبی و ردوپسین نیز از جد مشتركی دیگر، ‌اما طول شاخه ‌ها نشان‌ دهنده‌ این است كه شباهت بین اُپسین قرمز و سبز خیلی بیشتر از اُپسین آبی و رودوپسین است‌. الگوی انشعابات نیز در تحلیل كلی كمك بسیاری می‌نماید. بر این اساس پِراُپسین در یك شاخه كاملا مجزا قرار دارد كه نشان دهنده تفاوت زیاد آن با دیگر پروتئین ‌ها است.

- از پنجره تنظیمات درخت كه در سمت راست صفحه اصلی قرار دارد می ‌توانید برای تغییر نوع نمایش درخت استفاده كنید. به عنوان نمونه (مانند تصویر) در بخش «برچسب‌ها» (Labels) از منوی كشویی Branches كه به صورت پیش فرض در حالت Bootstrap قرار دارد، گزینه Length‌ را انتخاب كنید، ‌با این كار بر روی شاخه‌ های درخت اعدادی نمایش داده می ‌شود كه میزان اختلاف دو توالی و یا طول شاخه‌ ها است.

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

 

مطالب مرتبط:

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه اول

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه دوم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه چهارم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه پنجم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه هفتم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه هشتم

 

بخش پژوهش های دانش آموزی تبیان، تهیه: زینب باقری

تنظیم: زینب شاه مرادی

تلفن : 81200000
پست الکترونیک : public@tebyan.com
آدرس : بلوارکشاورز ، خیابان نادری ، نبش حجت دوست ، پلاک 12

ارتباط با ما

روابط عمومی

درباره ما

نقشه سایت

تعدادبازدیدکنندگان
افراد آنلاین