در این مرحله پروتئین های هم خانواده اُپسین را بررسی می نمائید؛ برای شروع لازم است تعدادی از آنها را یافته و با استفاده از نرم افزار CLC Sequence Viewer بررسی تطابق پذیری چندتایی را انجام داده و درخت تكاملی آنها را رسم كنید...
عکس نویسنده
عکس نویسنده
نویسنده : زینب باقری
بازدید :
زمان تقریبی مطالعه :

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه پنجم

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه پنجم

 

هدف: آشنایی با بیوانفورماتیك و بررسی درخت تبارزایی هومولوگ‌های پروتئین اُپسین در انسان

حداقل زمان مورد نیاز برای انجام پروژه: 3 هفته

هزینه برآوردی: بدون هزینه

سطح دشواری: پیشرفته

 

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه پنجم مرحله سوم: پیدا كردن اعضای دیگر خانواده پروتئین اُپسین در ژنوم انسان

در این مرحله پروتئین‌های هم‌خانواده اُپسین را بررسی می‌نمائید؛ برای شروع لازم است تعدادی از آنها را یافته و با استفاده از نرم‌افزار

CLC Sequence Viewer بررسی تطابق پذیری چندتایی را انجام داده و درخت تكاملی آنها را رسم كنید.

1- پیدا كردن توالی‌های هم‌خانواده اُپسین

- به آدرس زیر بروید

http://www.expasy.ch/

از بخش Database بر روی لینك UniProtKB كلیك كرده تا به پایگاه UniProt منتقل گردید. این پایگاه یكی از مهمترین و با كیفیت ‌ترین بانك ‌های توالی پروتئین است كه علاوه بر توالی، اطلاعات تكمیلی مهمی برای هر توالی ارائه می ‌دهد و ابزارهای مختلفی برای یافتن توالی و یا مجموعه توالی ‌های مورد نظر در اختیار كار برقرار می ‌دهد.

- در بالای صفحه از منوی كشویی Search in گزینة Protein knowledgebase (UniProtKB) را انتخاب كرده و در جعبه سؤال كلمه opsin را تایپ و دكمه Search را فشار دهید.

- نتیجه جستجو بیش از 7000 مورد است كه هم از نظر اطلاعات و هم از نظر توانایی این پایگاه برای شناسایی ژن‌های مشابه قابل توجه است. شما می‌توانید با استفاده از قابلیت‌های دیگر این پایگاه، سؤال خود را محدود كنید. بدین منظور لینكAdvanced Search  در كنار جعبه سؤال را انتخاب كرده تا بخش كوچكی در زیر جعبه جستجو باز شود. در این بخش از منوی كشویی Field گزینه Organism[os] را انتخاب كنید و در جعبه Term كلمه Human را تایپ و دكمه Add&Search را فشار دهید (‌همچنین می ‌توانید گزینه ‌های دیگر منوی محدود كننده را امتحان كنید و اگر بخواهید دو نوع محدودیت را اعمال كنید می ‌توانید بعد از انتخاب محدود كننده اول ، دوباره لینك Advanced Search را كلیك كرده و مورد جدید را اضافه كنید).

 

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه پنجم

- نتیجه جستجو به عدد 28 كاهش پیدا می‌كند.

- ستون نام پروتئین‌ ها را بررسی و ازستون دسترسی (Accession)  روی لینكهای مربوط به پروتئین ‌های Rhodopsin، Blue-sensitive opsin ، Green-sensitive opsin ، Red-sensitive opsin و Visual pigment-like receptor peropsin كلیك كنید (‌هر لینك را در صفحه جدیدی باز كنید.)

- در هر صفحه اطلاعات مفصلی در مورد پروتئین مورد نظر نوشته شده است (نام دقیق پروتئین، اندازه آن‌، عملكردهای شناخته شده از آن، لیست پروتئین‌های همكار، لیست قسمت‌های مختلف ساختار، لیست انواع جهش ‌یافته ‌های گزارش شده، توالی پروتئین و  در آخر لیست تمام منابعی كه از اطلاعات آنها در این صفحه استفاده شده است)  به همراه لینك ‌های متعدد به پایگاه‌های دیگر.

- بر روی نوار Sequence از نوار طوسی رنگ فهرست مطالب در بالای صفحه كلیك كرده تا به بخش توالی منتقل شوید. 

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه پنجم

- لینك FASTA را كلیك كنید تا صفحه‌ای جدید كه در آن فقط توالی به فرمت FASTA قرار دارد باز شود. این صفحه را  ذخیره 

(Save) كنید. جستجو گر اینترنت شما به صورت پیش فرض این صفحه را به فرمت txt. ذخیره می‌كند (در انتخاب نام و مكان ذخیره دقت نمایید).

- توالی به فرمت FASTA چهار توالی دیگر را نیز به روش گفته شده تهیه و با نام مناسب ذخیره كنید.

 

بررسی ژن و  پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه پنجم

مطالب مرتبط:

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه اول

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه دوم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه چهارم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه پنجم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه هفتم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه هشتم

 

بخش پژوهش های دانش آموزی تبیان، تهیه: زینب باقری

تنظیم: زینب شاه مرادی