توالی پروتئینی را (فایل prtred.txt) از ابتدای علامت بزرگتر تا آخر را كپی كرده و در مستطیل بزرگ در صفحه BLAST ژنوم انسان بچسبانید...
عکس نویسنده
عکس نویسنده
نویسنده : زینب باقری
بازدید :
زمان تقریبی مطالعه :

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه چهارم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه چهارم

 

هدف: آشنایی با بیوانفورماتیك و بررسی درخت تبارزایی هومولوگ ‌های پروتئین اُپسین در انسان

حداقل زمان مورد نیاز برای انجام پروژه: 3 هفته

هزینه برآوردی: بدون هزینه

سطح دشواری: پیشرفته

 

مرحله دوم: یافتن ژن‌ های مشابه OPN1lW با استفاده از ابزار BLAST‌ 

برای استفاده از ابزار BLAST به آدرس زیر بروید. BLAST موتور جستجوی توالی DNA یا پروتئین است.

بعد از آنكه وارد پایگاه  BLAST  شدید، ژنوم انسان را انتخاب كنید (‌كلیك بر Human  در بخش انتخاب گونه مورد نظر) 

 

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه چهارم

توالی پروتئینی را (فایل prtred.txt) از ابتدای علامت بزرگ تر تا آخر را كپی كرده و در مستطیل بزرگ در صفحه BLAST‌ ژنوم انسان بچسبانید.

در منوی DataBase  عبارت Build protein(previous build) را انتخاب كنید.

در منوی Program برنامه مقایسه توالی پروتئینی و یا BLASTP را انتخاب كنید تا فقط در بانك ‌های اطلاعاتی پروتئینی به دنبال مشابه‌ های توالی پروتئینی شما بگردد. 

بدون تغییر در قسمت‌ های دیگر دكمه Begin Search را فشار دهید. در صفحه بعد نیز دكمه View Report را فشار داده و  تا بارگذاری كامل صفحه صبر كنید.

- در ابتدای صفحه نتیجه، مشخصات پروتئین اُپسین قرمز را می ‌بینید. نتیجه بدست آمده ابتدا به صورت گرافیكی و خلاصه نشان داده شده است‌. به‌طور پیش فرض 100 توالی (در صفحه قبل می ‌توانید تعداد را كم و زیاد كنید) مشابه پیدا شده است كه با توجه به درصد شباهت به ترتیب با نوارهای قرمز، صورتی، سبز و آبی و مشكی مشخص می‌ شوند. بخشی از دو توالی كه مشابه است، به‌صورت نوار كشیده شده است.

با حركت دادن نشانگر موس بر روی نوارها، نام‌ پروتئین یافت شده و میزان شباهت با توالی مورد سؤال (با دو نمره S و E)  در نوار سفید نوشته می ‌شود. اولین نوار خودِ پروتئین مورد سؤال است. با بررسی این بخش می‌ توانید بین نمره ‌های داده شده و میزان شباهت ارتباط برقرار کنید.

در زیر نمودار گرافیكی، جدولی است كه اطلاعات بیشتری به شما می ‌دهد، اولین نتایج مربوط به پروتئین ‌های‌ اُپسین (به ترتیب قرمز، سبز و آبی) و ردوپسین است. همان ‌طور‌كه مشاهده می‌ شود اُپسین قرمز شباهت بیشتری به اُپسین سبز دارد تا به آبی.

نوار مربوط به پروتئین اُپسین آبی (short-wave-sensitive) را پیدا كرده و بر روی آن كلیك كنید تا به پایین صفحه،‌ جایی كه میزان تطابق اُپسین آبی و قرمز مقایسه شده است، منتقل شوید.

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه چهارم

 

- در این قسمت شما تطابق دو‌تایی توالی ‌های اُپسین قرمز (بالایی یا Query) و اُپسین آبی (پایینی یا Subject) را می ‌بینید‌. در بالای تطابق توالی، نمره‌ های مختلفی داده شده است‌. قبل از توضیحاتی كه در زیر می ‌آید ببیند چه چیزهایی كشف می‌ كنید.

- Identities  (یكسانی) تعداد آمینواسیدهای كاملاً یكسان در تطابق دو توالی است كه آمینواسیدهای فوق در سطر وسط بین دو توالی درج می ‌شوند.

- Positives تعداد رزیدوهایی است كه خیلی به هم شبیهند (اولین آمینواسید اُپسین آبی، ترئونین و اولین آمینواسید اُپسین قرمز سرین است این دو آمینو اسید مشابه هم هستند و می ‌توان حدس زد تبدیل سرین به ترئونین در اُپسین قرمز و یا بالعكس تأثیر مهمی در ساختار و عملكرد نداشته است)‌. در ردیف  بین دو توالی، آمینواسیدهای مشابه با علامت + نشان داده شده‌اند. توجه داشته باشید برای محاسبه عدد Positives آمینواسیدها یکسان نیز در نظر گرفته می شوند، به همین دلیل، همیشه عدد Positives  از Identities بیشتر است.

- Gaps تعداد جاهای خالی ایجاد شده در توالی اُپسین آبی است تا نتیجه تطابق بهتر شود. بیشترین (score) امتیاز زمانی است كه نمره Identities‌ و Positives زیاد و نمره Gaps كم باشد.

اگر نتیجه تطابق‌های دیگر را بررسی كنید، متوجه خواهید شد كه یكسانی (Identities) اُپسین آبی و ردوپسین با اُپسین قرمز در حدود 45% است و پروتئین‌های دیگر كه ظاهراً رنگدانه بینایی نیستند،‌ نمره پایین‌تری از نظر یكسانی دارند. 

- احتمالاً یك نمره دیگر نیز از ابتدای این صفحه توجه شما را جلب كرده است كه آن نمره مقدار مورد انتظار كه با حرف E و یا كلمه Expect نشان داده شده است. این مقدار در مورد میزان تصادفی بودن تطابق ایجاد شده، گزارش می ‌دهد كه هر چقدر كمتر باشد نشان ‌دهنده عدم تصادفی بودن و درست بودن نتیجه بدست آمده است.

 

مطالب مرتبط:

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه اول

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه دوم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه چهارم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه پنجم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه ششم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه هفتم

بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه هشتم

 

بخش پژوهش های دانش آموزی تبیان، تهیه: زینب باقری

تنظیم: زینب شاه مرادی