وب سایت موسسه فرهنگی و اطلاع رسانی تبیان
وب سایت موسسه فرهنگی و اطلاع رسانی تبیان
سه شنبه 3 اسفند 1395 - 24 جمادي الاول 1438 - 21 فوريه 2017
- به جدول اطلاعات رجوع كنید. افراد شماره 6، 8، 9 و 14 برای این بررسی مناسب تر از باقی افراد می باشند، زیرا بیش از 5 بار آنها ویزیت شده اند و در فواصل زمانی بیشتری از آنها نمونه گرفته شده است...
عکس نویسنده
عکس نویسنده
نویسنده : زینب باقری
بازدید :
زمان تقریبی مطالعه :

بررسی تكامل ویروس HIV به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم

 

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سومبررسی تغییرات توالی ویروس بدست آمده از یك فرد در سال ‌های مختلف

- به جدول اطلاعات رجوع كنید. افراد شماره 6، 8، 9 و 14 برای این بررسی مناسب‌ تر از باقی افراد می ‌باشند،‌ زیرا بیش از 5 بار آنها ویزیت شده اند و در فواصل زمانی بیشتری از آنها نمونه گرفته شده است.  از فایل متنی،‌ توالی ‌های بدست آمده از این افراد را در فایل ‌های متنی جداگانه ذخیره و آنها را به ترتیب با اسامی Seq6.FASTA ، Seq8.FASTA، Seq9.FASTA و Seq14.FASTA نام‌گذاری نمایید.  برای راهنمایی بیشتر فایل های مذکور به این پروژه پیوست شده است. 

- نرم افزار ‍CLC Sequence Viewer‌ را اجرا كنید و یك پوشه جدید به نام HIVproject ایجاد كنید و فایل‌ های توالی 4 فرد را در آن وارد كنید . 

- روی فایل توالی با نام Seq6 در پنجره لیست فایل‌ كلیك كنید تا در پنجره اصلی لیست توالی ‌های این فایل نمایش داده شود. 

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم

 

-  از پنجره ابزار  بر روی Create Alignment كلیك كرده و در صفحه باز شده فایل  Seq6‌را انتخاب كنید و مراحل بعدی را تایید كنید تا محاسبه تطابق چندتایی بر روی توالی ‌های این فایل انجام شود.

- نتیجه محاسبه در پنجره جدیدی نمایش داده می‌ شود، آن را با نام مناسبی ذخیره كنید.

- برای مقایسه بهتر در پنجره تنظیمات، تغییرات زیر را اعمال كنید:

- تنظیمات توالی (Sequence Layout) را باز كنید و مربع" Identical residues as dots" را تیك بزنید. با این كار در هر ستون،‌ به‌جای آمینواسیدهای كه با آمینواسید ردیف اول یكسان هستند،‌ نقطه گذاشته می ‌شود و فقط مخفف آمینواسیدهای متفاوت نوشته می ‌شود. 

- در قسمت رنگ رزیدوها تیك دو مربع را بردارید.

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم

• قسمت اطلاعات تطابق "Alignment Info" محدودیت رااز حالت Majority به %100 تغییر دهید و علامت مبهم (Ambiguous Symbol) را به خط تیره "-" تغییر دهید.

  • قسمت اطلاعات تطابق "Alignment Info" را باز كنید و طول ستون ‌های نمودار را از حالت پیش فرض كوتاه (Low) به خیلی بلند (Very tall) تغییر دهید.

 

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم

 

بعد از اعمال تغییرات ذكر شده،‌ پنجره توالی باید به صورت زیر باشد:

 

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم

 

در جدولی (همانند جدول زیر) اطلاعات جایگاه های متفاوت را یادداشت كنید.

رزیدوهای متفاوت دوم رزیدوهای متفاوت اول رزیدوی توالی اول درصد حفظ شدگی شماره جایگاه
1 V I 86 4
N D 94 11
R Q 94 19
D E 91 22

 

- با استفاده از ابزار Create Tree‌ و انتخاب فایل نتیجه تطابق چندتایی، درخت مربوطه را رسم كنید.

 

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم

 

- درخت بالا مربوط به توالی های فرد شماره 9 است،‌ از این فرد در ویزیت اول پنج نوع كلون بدست آمده كه در این درخت در شاخه ‌های متفاوتی دیده می ‌شوند. 

- برای سه فرد دیگر مراحل بالا را انجام دهید و نتایج را با هم مقایسه نمایید. به عنوان نمونه جایگاه یازدهم در هر چهار فرد در 90 درصد موارد آمینواسید D و در موارد باقی ‌مانده آمینواسید N‌ است.

 

مقایسه بین ویروس‌ های هر 15 فرد مورد بررسی

- تمام اولین توالی ‌های افراد را در یك فایل متنی با نام First15Seq.FASTA‌ كپی كنید.

- تمام آخرین توالی‌ های افراد را در یك فایل متنی با نام Last15Sea.FASTA كپی كنید.

- هر دو فایل را وارد نرم افزار كرده و بر روی هر یك، محاسبه تطابق چندتایی و رسم درخت را انجام دهید.

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم
همان‌ طور‌كه مشاهده می ‌شود شباهت ‌های بسیار كمی بین این دو درخت دیده می ‌شود كه نشان‌دهنده تغییرات ژنتیكی ویروس HIV در بدن فرد آلوده است.

 

سؤالاتی كه بعد از انجام آزمایش می ‌توانید به آن ها پاسخ گویید:

1- بعد از زمان سپری شده توالی ویروس ‌ها چقدر تغییر كرده است و آیا این تغییر برای تمامی مراجعه كنندگان مشابه است؟

2- تغییرات، بیشتر در چه قسمت‌ هایی بوده است؟

 

نتایج قابل مشاهده

 مارخام‌ و همكارانش بررسی ‌‌های آماری زیادی بر روی این نتایج انجام داده و به نتیجه زیر رسیده‌اند:

 در افرادی كه كاهش تعداد سلول‌ ها CD4+‌ سریعتر بوده است تنوع ژنتیكی دیده شده بین ویروس ‌های جدا شده از آنها بیشتر است.

 

این پروژه را چگونه می ‌توان ادامه داد:

1- تمام بررسی‌های انجام شده بر روی توالی ‌های پروتئینی را بر روی توالی‌ های نوكلئوتیدی انجام دهید و در هر فرد تعداد جهش ‌هایی كه سبب تغییر آمینواسید نمی ‌شود را نسبت به دیگر جهش ‌ها مقایسه كنید.

 

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوممنابع

1- Env (gene);http://en.wikipedia.org/wiki/Env_%28gene%29

2- Markham RB, Wang WC, Weisstein AE, Wang Z, Munoz A, Templeton A, Margolick J , Vlahov D, Quinn T, Farzadegan H, Yu XF (1998) Patterns of HIV-1 evolution in individuals with differing rates of CD4 T cell decline. Proc.Acad. Sci. 95(21): 12568-73

 

مطالب مرتبط:

بررسی تكامل ویروس HIV به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه اول

بررسی تكامل ویروس HIV به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه دوم

بررسی تكامل ویروس HIV به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم

 

بخش پژوهش های دانش آموزی تبیان، تهیه: زینب باقری

تنظیم: زینب شاه مرادی

تلفن : 81200000
پست الکترونیک : public@tebyan.com
آدرس : بلوارکشاورز ، خیابان نادری ، نبش حجت دوست ، پلاک 12

ارتباط با ما

روابط عمومی

درباره ما

نقشه سایت

تعدادبازدیدکنندگان
افراد آنلاین