هدف اصلی این پروژه بررسی تكامل ویروس است. در این قسمت توالی هایی كه از پروژه مارخام بدست آمده است را مورد بررسی قرار می دهیم...
عکس نویسنده
عکس نویسنده
نویسنده : زینب باقری
بازدید :
زمان تقریبی مطالعه :

بررسی تكامل ویروس HIV به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه دوم

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه دوم
 

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه دومشرح مراحل پروژه

هدف اصلی این پروژه بررسی تكامل ویروس است. در این قسمت توالی ‌هایی كه از پروژه مارخام بدست آمده است را مورد بررسی قرار می ‌دهیم. در این پروژه همان ‌طور‌كه گفته شد 666 توالی از ویروس ‌های بدست آمده از خون 15 نفر در طول 4 سال بدست آمده است. هر توالی برچسبی دارد كه  شماره كلون، بیمار و زمان مراجعه آن را نشان می‌ دهد. به عنوان نمونه توالی پروتئینی زیر مربوط به كلون 5 از بیمار (subject) شماره 1 است كه از مراجعه (visit) اول به‌دست آمده است. این توالی ها را با جستجوی برچسب آنها در پایگاه NCBI پیدا کنید. 

 

در این بررسی می ‌خواهیم به دو سؤال اصلی پاسخ دهیم:

1- چه تغییراتی در ژنوم ویروس ‌هایی كه یك فرد را آلوده كرده است، رخ می ‌دهد؟ آیا روند مشخصی در افراد مختلف قابل مشاهده است؟

2- از مقایسه ویروس ‌هایی كه این 15 نفر را آلوده كرده ‌اند، چه اطلاعاتی بدست می ‌آوریم؟

- فایل متنی داخل CD‌ را پیدا كنید.

برای پاسخ به سؤال اول لازم است كه از میان كل توالی ‌های این فایل، ‌توالی افراد مختلف را جدا كرده و توالی ‌های هر فرد را با استفاده از نرم‌افزار CLC Sequence Viewer مورد بررسی قرار دهید.

( روش استفاده از این نرم افزار و بخش های مختلف آن در پروژه بررسی بیوانفورماتیک پروتئین اپسین شرح داده شده است. )

 

 

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه دوم

 

به دو صورت می ‌توانید عمل كنید؛ راه اول این است كه تك تك توالی ‌ها را كپی كنید و آنها را به طور جداگانه وارد نر‌م‌افزار نمایید. راه دوم این است كه كل توال ی‌های یك فرد را در یك فایل متنی جدا كپی كرده و آن را با پسوند FASTA ( نرم افزار این پسوند را می ‌شناسد و می ‌توانید هر تعداد توالی كه بخواهید در یك فایل متنی به همین صورت وارد نرم‌افزار نمایید.) ذخیره و با استفاده از بخش Import‌ فایل مربوطه را وارد كنید. با این كار كل توالی ‌ها وارد شده و می‌توانید مراحل دیگر را انجام دهید. 

 

برای وارد كردن یك توالی به خصوص مراحل زیر را انجام دهید. 

- نرم افزار را اجرا كنید. 

- از منوی File‌ روی گزینه New كلیك كرده تا پنجره كوچكی باز شود. در این پنجره بر روی Sequence‌ كلید كنید. پنجره ای جدید باز می ‌شود و شما می ‌توانید توالی مورد نظر را به همراه دیگر خصوصیات آن وارد كنید. 

- بعد از نام‌گذاری مناسب ( بهتر است همان نام توالی كه در فایل متنی می ‌بینید در قسمت Name وارد كنید. ) نوع توالی (پروتئین، RNA و غیره) را انتخاب كنید.

-  توالی خورد را در جعبه بزرگ وارد كنید، ‌توجه كنید توالی بدون عنوان و علائم دیگر وارد شود و در نهایت كلید OK‌ را فشار دهید. 

 - توالی جدید را ذخیره كنید (File| Save).

برای وارد كردن چند توالی به صورت همزمان مراحل زیر را انجام دهید:

 - یك فایل متنی باز كنید و در آن تمام توالی ‌های مربوط به فرد شماره یك ( از فایل متنی پروژه HIV)  را كپی كنید. توجه كنید برای آنكه نرم‌افزار بتواند شروع و اتمام توالی را تشخیص دهید لازم است توالی‌ ها به  فرمت FASTA (هر توالی با یك علامت بزرگتر ">" آغاز شده و نام توالی بدون فاصله بعد از آن نوشته می ‌شود. كاراكترهای توالی در خط بعد بدون هیچ كاراكتر اضافی و یا كاراكتر فاصله خواهند آمد) باشد.

 

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه دوم

 

در آخر لازم است فایل را با فرمت .FASTA""  و با نام مناسب دخیره كنید.

 

بررسی تكامل ویروس hiv به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه دوم

 

 

 

مطالب مرتبط:

بررسی تكامل ویروس HIV به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه اول

بررسی تكامل ویروس HIV به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه دوم

بررسی تكامل ویروس HIV به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه سوم

 

بخش پژوهش های دانش آموزی تبیان، تهیه: زینب باقری

تنظیم: زینب شاه مرادی