اسارت
مرجع عالیقدر به دلیل افکار و روحیهٔ انقلابی و نیز نزدیکی افکار و قرابت نسبی و سببی با سید محمدباقر صدر، رژیم بعث عراق وی را سه بار دستگیر و روانه زندان های مخوف و ترسناک خود کرد. بار نخست، در سال ۱۳۵۱ هجری شمسی دستگیر و زندانی شد. در سال ۱۳۵۳ هجری شمسی به همراه ۱۵۰ تن از شاگردان سید محمدباقر صدر و تعدادی از اعضای حزب الدعوة الاسلامیه برای بار دوم زندانی شد که این بار به شدت مورد اذیت و آزار قرار گرفت. بار سوم هم در سال ۱۳۷۰ هجری شمسی و پس از انتفاضه شعبانیه بود که به دلیل فعالیت‌های فرهنگی و سخنرانی‌های آتشین و کوبنده اش بر ضد رژیم ظالم و خونخوار بعث همراه با ۱۰۶ نفر دیگر از انقلابیون دستگیر شد و روانه زندان شد.
مرجعیت
آیت سید محمد صدر از آنجا که با آزادی از زندان دیگر به مسائل سیاسی وارد نشد و عزلت و گوشه‌گیری اختیار کرد، گوشه گیری آیت الله سید محمد صدر سبب شد رژیم بعثی عراق وی را به عنوان مرجع رسمی شیعیان عراق معرفی کند و اداره حوزهٔ علمیهٔ هزار ساله نجف اشرف را به او واگذار کرد. پذیرش مرجعیت توسط وی، موجی از یاداشت ها و اعتراض‌ها را در پی داشت و برخی او را به دلیل این کار سرزنش می‌کردند و حتی برخی او را به وابستگی با حکومت عراق متهم کردند. آیت الله سید محمد صدر به دلیل این اتهامات سختی‌های بسیاری را متحمل شد و باعث ناراحتی و کدورت خاطر ایشان گردید.
وی خطر انحطاط مردم و خطر ضعیف شدن حوزه علمیه را احساس کرده بود، به این سبب این منصب را به انگیزه دفاع از اسلام و مسلمانان پذیرفت وی در باره قبول مرجعیت از جانب خویش می فرماید:
من همچون دیگران در خطر زندگی می کنم، خطری که دیگر مراجع نیز با آن مواجه هستند؛ ولی مادامی که فعالیتم طبق رضای خدا و دارای منفعت عمومی باشدو باعث احیای سنت امر به معروف و نهی از منکر و حفظ حوزه علمیه شود، چرا بترسم؟ اگر شهید شوم رفتن من در راه خداست و این اوج مطلوب است.
همچنین شهادت وی توسط رژیم بعث عراق، برای همگان ثابت می‌کند که او با حکومت بعث هماهنگ نبوده است و خلاف میل آن رژیم گرگ صفت و سفاک حرکت می کرده است.
منبع:کتاب گلشن ابرار
تهیه: گروه حوزه علمیه
