بررسی ژن و پروتئین اُپسین به كمك ابزارهای بیوانفورماتیك، جلسه پنجم

هدف: آشنایی با بیوانفورماتیك و بررسی درخت تبارزایی هومولوگ‌های پروتئین اُپسین در انسان

حداقل زمان مورد نیاز برای انجام پروژه: 3 هفته

هزینه برآوردی: بدون هزینه

سطح دشواری: پیشرفته

مرحله سوم: پیدا كردن اعضای دیگر خانواده پروتئین اُپسین در ژنوم انسان

در این مرحله پروتئین‌های هم‌خانواده اُپسین را بررسی می‌نمائید؛ برای شروع لازم است تعدادی از آنها را یافته و با استفاده از نرم‌افزار

CLC Sequence Viewer بررسی تطابق پذیری چندتایی را انجام داده و درخت تكاملی آنها را رسم كنید.

1- پیدا كردن توالی‌های هم‌خانواده اُپسین

- به آدرس زیر بروید

http://www.expasy.ch/

از بخش Database بر روی لینك UniProtKB كلیك كرده تا به پایگاه UniProt منتقل گردید. این پایگاه یكی از مهمترین و با كیفیت ‌ترین بانك ‌های توالی پروتئین است كه علاوه بر توالی، اطلاعات تكمیلی مهمی برای هر توالی ارائه می ‌دهد و ابزارهای مختلفی برای یافتن توالی و یا مجموعه توالی ‌های مورد نظر در اختیار كار برقرار می ‌دهد.

- در بالای صفحه از منوی كشویی Search in گزینة Protein knowledgebase (UniProtKB) را انتخاب كرده و در جعبه سؤال كلمه opsin را تایپ و دكمه Search را فشار دهید.

- نتیجه جستجو بیش از 7000 مورد است كه هم از نظر اطلاعات و هم از نظر توانایی این پایگاه برای شناسایی ژن‌های مشابه قابل توجه است. شما می‌توانید با استفاده از قابلیت‌های دیگر این پایگاه، سؤال خود را محدود كنید. بدین منظور لینكAdvanced Search در كنار جعبه سؤال را انتخاب كرده تا بخش كوچكی در زیر جعبه جستجو باز شود. در این بخش از منوی كشویی Field گزینه Organism[os] را انتخاب كنید و در جعبه Term كلمه Human را تایپ و دكمه Add&Search را فشار دهید (‌همچنین می ‌توانید گزینه ‌های دیگر منوی محدود كننده را امتحان كنید و اگر بخواهید دو نوع محدودیت را اعمال كنید می ‌توانید بعد از انتخاب محدود كننده اول ، دوباره لینك Advanced Search را كلیك كرده و مورد جدید را اضافه كنید).

- نتیجه جستجو به عدد 28 كاهش پیدا می‌كند.

- ستون نام پروتئین‌ ها را بررسی و ازستون دسترسی (Accession) روی لینكهای مربوط به پروتئین ‌های Rhodopsin، Blue-sensitive opsin ، Green-sensitive opsin ، Red-sensitive opsin و Visual pigment-like receptor peropsin كلیك كنید (‌هر لینك را در صفحه جدیدی باز كنید.)

- در هر صفحه اطلاعات مفصلی در مورد پروتئین مورد نظر نوشته شده است (نام دقیق پروتئین، اندازه آن‌، عملكردهای شناخته شده از آن، لیست پروتئین‌های همكار، لیست قسمت‌های مختلف ساختار، لیست انواع جهش ‌یافته ‌های گزارش شده، توالی پروتئین و در آخر لیست تمام منابعی كه از اطلاعات آنها در این صفحه استفاده شده است) به همراه لینك ‌های متعدد به پایگاه‌های دیگر.

- بر روی نوار Sequence از نوار طوسی رنگ فهرست مطالب در بالای صفحه كلیك كرده تا به بخش توالی منتقل شوید.