• تعداد بازديد :
  • پنج شنبه 1395/11/28
  • تاريخ :

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه چهارم

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه چهارم

 

پیدا كردن مولكول‌ های شاخص زیستی

هدف: چگونه می ‌توان ویژگی ‌های پروتئین‌ های مورد نظر در پروژه ‌های زیستی مختلف را بررسی کرد؟

نام چند پروتئین را می ‌دانید؟ فكر می‌ كنید بزرگ ‌ترین پروتئین از چند آمینواسید ساخته شده است و متعلق به چه موجودی است؟ شكل پروتئین ‌های مختلف چگونه است، آیا می ‌توان بین آنها مولكول ‌های متقارن پیدا كرد؟ بزرگ‌ترین پروتئین انسانی تعیین ساختار شده چیست؟ بزرگ ‌ترین پروتئینی كه از چندین زنجیره‌ پلی ‌پپتیدی ساخته شده است چیست و به چه موجودی تعلق دارد؟ بزرگ ‌ترین پروتئینی كه در میتوكندری یا كلروپلاست ساخته می ‌شود چیست؟ كوچكترین پروتئین تعیین ساختار شده چیست و به چه موجودی تعلق دارد؟

برای پاسخ به این سؤالات و موارد دیگر می ‌توانید از ابزار جستجوی پیشرفته بانك پروتئین استفاده نمایید.

 

دانستنی ‌های مورد نیاز برای انجام پروژه

- چرا داشتن اطلاعات مختلف در مورد ساختار، توالی آمینواسیدی و اندازه پروتئین‌ها اهمیت دارد؟

- چگونه می ‌توان اطلاعات مورد نیاز در مورد پروتئین‌ های مورد نظر را از پایگاه بانک پروتئین استخراج کرد؟

 

مراحل انجام پروژه

pdb.org/pdb/home/home.do

به پایگاه بانك پروتئین رفته و بر روی لینك جستجوی پیشرفته در كنار جعبه سؤال (Advanced Search) كلیك كنید تا به صفحه جستجوی پیشرفته منتقل گردد. سپس در صفحه جستجوی پیشرفته بانك پروتئین، با استفاده از محدودیت‌ های مختلف،‌ جواب سؤالات مطرح شده را پیدا كنید.

 

پیدا كردن جدیدترین ساختارهای تعیین شده:

از منوی كشویی محدودگر گزینه‌ Latest released structure را انتخاب كرده و دكمه Result Count را فشار دهید.

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه چهارم

از آنجا كه ساختارهای جدید چهارشنبه هر هفته  به بانك اضافه می‌ شوند، نتیجه بدست آمده مربوط به تعداد ساختارهایی است كه یك هفته قبل از زمان جستجوی شما به بانك اضافه شده است. با كلیك بر روی Submit Result لیست این ساختارها را مشاهده خواهید کرد. در واقع این گزینه را باید به صورت تركیبی با گزینه ‌های دیگری استفاده كنید. بررسی كنید كه چه ساختارهایی می ‌باشند و از چه روش‌هایی برای تعیین آنها استفاده شده است.

اگر می ‌خواهید ببینید هر هفته چند ساختار به بانك اضافه می ‌شود از منوی محدودگر گزینه Release Date را انتخاب كرده و محدوده‌ زمانی را هفته قبل، دو هفته قبل و غیره انتخاب كنید و متوسط ساختارهایی كه به صورت هفتگی به بانك اضافه می ‌شود را بدست آورید.

 

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه چهارم

پیدا كردن درشت مولكولی كه از بیشترین تعداد رشته‌ پلی ‌پپتیدی ساخته شده است.

از منوی محدودكننده، گزینه‌ Number Of Chains را انتخاب كرده و حد بالای تعداد رشته را عدد 2000 و حد پایین را 100 انتخاب كنید و سپس دكمه Result Count  را فشار دهید. آنقدر مقادیر حد پایین را تغییر داده و به حد بالا نزدیك كنید كه تعداد نتایج به عدد 1 كاهش پیدا كند. همچنین می ‌توانید 10 ساختاری كه بیشترین تعداد رشته پلی ‌پپتیدی را دارند شناسایی كنید. حدس می ‌زنید این ساختارهای غول‌پیكر متعلق به چه موجوداتی است و با چه روشی تعیین شده ‌اند و اولین ساختار این چنینی در چه سالی تعیین شده است؟

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه چهارم

شناسایی پروتئین ‌های دستكاری شده:

بعد از پیشرفت ‌های‌ فراوان در حوزه‌ زیست ‌شناسی مولكولی راه‌ هایی ابداع شده است كه بتوان مولكول ‌هایی از جنس پروتئین ساخت كه ساختار و ویژگی ‌های جدید داشته باشند. برای یافتن پروتئین ‌های مصنوعی ‌شده از منوی محدودگر؛ گزینه‌ Source Organism Browser  را انتخاب كنید، سپس از پنجره‌ باز شده بخش Other Sequence را انتخاب كرده و از لیست باز شده، بر روی گزینه‌ artificial sequences كلیك كنید، تا به صفحه جستجوی پیشرفته برگردید. تعداد نتایج را بدست آورده و با كلیك بر روی دكمه‌ Submit ، لیست این ساختار‌ها ظاهر می ‌شود. بررسی كنید كه چه پروتئین ‌های مصنوعی تا به حال ساخته شده‌اند. به نظر شما هدف از ساخت چنین مولكول ‌هایی چیست؟ در زیر یك ساختار تركیبی مشاهده می‌ كنید كه از تكرار یك توالی پروتئینی ایجاد شده است:

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه چهارم

 

شناسایی بزرگ ترین پروتئینی كه تنها از صفحات بتا تشكیل شده است و یك رشته پپتیدی است.

 

تنظیمات صفحه‌ جستجوی پیشرفته را همانند شكل زیر ایجاد كنید:

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه چهارم

 

احتمالاً با كلیك بر روی دكمه Submit  ساختاری با كد 2W75 كه در سال 2009 به بانك اضافه شده است به عنوان نتیجه جستجو نمایش داده می ‌شود.

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه چهارم

 

بررسی كنید بزرگ ‌ترین ساختاری كه از مارپیچ آلفا ساخته ‌شده است چیست؟ 

منوی محدود كننده ابزارهای دیگری نیز دارد كه می ‌توانید كلمه‌ مورد نظر خود را توسط آن جستجو كنید. تفاوت آن با جستجوی ساده این است كه می‌ توانید كلمه مورد نظر شما در چه قسمتی وجود داشته باشد، در عنوان ساختار، توصیف ساختار و غیره.

به عنوان نمونه با انتخاب Structure Title می‌توانید در جعبه نمایش داده شده كلمه‌ مورد نظرتان را تایپ كنید. مثلاً می ‌توانید با تایپ كلمهRubisco  در این قسمت با پروتئینی كه به تعداد زیاد در برگ گیاهان و شاید در عالم حیات ساخته می ‌شود آشنا شوید.

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه چهارم

ساختار این پروتئین به صورت متقارن است و از چند زنجیره‌ی پلی ‌پپتیدی تشكیل شده است و در موجودات مختلف انواع متفاوتی از آن ساخته می ‌شود.

 

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه چهارم

 

اگر دوست دارید با كارایی تمام گزینه ‌های منوی محدودكننده آشنا شوید، با انتخاب هر یك بر روی علامت راهنما كلیك كرده تا راهنمای مختصری نمایش داده شود. اگر در خواندن مطالب نمایش داده شده مشكل دارید می ‌توانید از ابزارهای ترجمه On Line  نظیر Google Translate  استفاده كنید.

گزینه‌ های دیگر منوی محدود‌كننده بانك پروتئین را امتحان كنید و هر بار لیست ساختارهای بدست آمده را مورد بررسی قرار دهید. همچنین می ‌توانید ساختارها را دانلود كنید و با استفاده از نرم‌افزار RasMol  جزئیات ساختارها را مطالعه و بررسی نمایید. همچنین می ‌توانید مجموعه ‌ای از ساختارهای بدست آمده را گرد آوری كنید و با استفاده از آنها دنیای مولكول ‌های زیستی را به دوستانتان معرفی كنید.

 

مطالب مرتبط:

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه اول

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه دوم

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه سوم

آشنایی با بانک پروتئین، جلسه چهارم

 

بخش پژوهش های دانش آموزی تبیان، تهیه: زینب باقری

تنظیم: زینب شاه مرادی

UserName